在医院检查女性是否怀孕的流程是，首先到医院妇产科挂号，与医生见面并告知具体情况，如末次月经时间、既往妊娠相关病史等，医生会开血常规检查HCG、雌激素、孕酮等指标，以确定女性是否怀孕。

如果确定女性已经怀孕，则会根据血液中的数值水平和末次月经的时间来估算确切的受孕时间。如果受孕时间是在怀孕六周左右，医生会要求进行超声波检查。如果超声波检查发现子宫内有孕囊，那么就可以确定是宫内孕，排除宫外孕的可能。